دوران باشگاهی
سیلوا که در کویابا، برزیل به دنیا آمد، فوتبال حرفهای خود را در سال 2010 با باشگاه فوتبال ریو پورتو برزیل آغاز کرد. در 19 ژوئیه 2013، او به باشگاهی در سری آ برزیل به نام باشگاه فوتبال پونته پرتا پیوست. در 25 ژوئیه، او اولین بازی خود را برای این باشگاه در شکست 1–0 مقابل باشگاه فوتبال ناسیونال در جام حذفی فوتبال برزیل انجام داد.
رافائل سیلوا در 1 آوریل 2015 به باشگاه فوتبال بوآ اسپورته برزیل قرض داده شد تا بیشتر در موقعیت بازی قرار بگیرد. وی در 23 می 2015، اولین گل خود را برای این باشگاه در مقابل باشگاه پارانا به ثمر رساند و در نهایت این بازی با نتیجه 1–1 به پایان رسید.