Il faisait nuit noire à l'aéroport JFK de New York lorsqu'un Boeing 777-200 d'American Airlines, effectuant le vol AA-106 entre New York JFK, NY (USA) et Londres Heathrow, EN (UK), circulant sur la voie de circulation B en vue du départ de la piste 04L, devant marquer le stop à l'intersection des voies de circulations B et K fut autorisé à traverser la piste 31L sur la voie de circulation K. L'avion American Airlines a cependant continué tout droit, a rejoint la voie de circulation J et a traversé la piste 04L sur la voie de circulation J à environ 1200 mètres du début de la piste 04L.
A ce moment précis, un Boeing 737-900 de Delta Airlines, effectuant le vol DL-1943 entre New York JFK, NY (USA) et Santo Domingo (République Dominicaine) avec 145 passagers et 6 membres d'équipage, fut autorisé à décoller de la piste 04L et accélérait lorsque la tour remarqua le conflit et demanda à DL-1943 d'annuler l'autorisation de décollage d'une voix fiévreuse, répétant cette instruction quelques secondes plus tard jusqu'à ce que l'équipage du Delta signale qu'il arrêtait le décollage. Par la suite, l'équipage du Delta a indiqué, par ses transmissions à la tour et par des "ouch !", qu'ils n'avaient pas été loin d'un accident grave. Le Delta a quitté la piste à gauche par la voie de circulation J.
Le problème est le suivant :
L'American Airlines a été autorisé à se rendre sur la piste (4L), en étant autorisé à traverser une autre piste (31L) en tournant à droite. Il a fait exactement l'inverse. Il a roulé tout droit, et il a traversé la 4L (au lieu de la 31L) alors que le Delta avait commencé son décollage sur cette même piste. Personne ne sait encore pourquoi. Au décollage, l'équipage de l'American Airlines aurait vraisemblablement eu trois pilotes pleinement qualifiés dans le cockpit. Le commandant de bord est assis en place de gauche et actionne le volant pour diriger l'avion sur le sol. Le copilote est en place de droite et s'occupe généralement des relations radios. Pour un long vol transocéanique comme celui-ci, un pilote de relève se trouve généralement aussi dans le cockpit, comme troisième paire d'yeux. D'une manière ou d'une autre, tous les trois ont mal interprété les instructions de roulage, l'abondante signalisation des pistes, leurs propres cartes d'aéroport et d'autres indicateurs de l'endroit où ils étaient censés aller. Les raisons de cette erreur sont à explorer.
Le American Airlines a continué vers Londres, avec le même équipage, environ 30 minutes plus tard. Le Delta est resté au sol pendant environ 15 heures. Probablement pour changement d'équipage.
La Tour a signalé l'erreur des pilotes de l'American Airlines à la FAA et a prévenu ces pilotes de ce signalement. Un signalement comme celui-là peut avoir des répercussions importantes sur la carrière des pilotes.
L'accident aurait pu être gravissime. Le crash aérien le plus meurtrier de l'histoire s'est produit en 1977, lorsqu'un 747 de KLM transportant près de 250 personnes a accéléré pour décoller par un jour de brouillard à l'aéroport de Tenerife, dans les îles Canaries. Il a percuté de plein fouet un autre 747, de Pan Am et transportant près de 400 personnes, qui roulait sur la même piste. Les deux avions se sont transformés en boules de feu, et 583 personnes ont été tuées.